A história do jogo começa quando o navio do nosso herói, que pode criar, selecionando várias opções, encalha, deixando-o como o único sobrevivente de um naufrágio numa ilha deserta. Então, o nosso herói terá que fazer todo o possível para escapar do ambiente hostil, onde se encontra … apenas com a ajuda de seus pokemon iniciais.
No início do jogo pode escolher exatamente com que pokemon quer começar (só precisa de digitar o seu nome em letras maiúsculas), mas graças à possibilidade de criação de novas pokeballs, pode tentar capturar mais pokemons para o seu grupo.
O jogo, obviamente, usa o sistema de batalha baseado no Pokemon. Pode escolher o tipo de ataque a realizar e fugir ou intervir, usando algum objeto curativo ou outro.
Adicionalmente, para os perigos normais encontrados numa ilha deserta, também irá encontrar um número de templos que pertencem a uma civilização antiga. Lá, pode encontrar alguns objetos estranhos e mais pokemons, mas claro, não serão fáceis de alcançar.
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